大部分人在冲进泳池中时，很少会想到水中有游动的微生物。
 

美国亚利桑那州立大学的微生物学家查尔斯·戈巴（Charles Gerba）说，“原生生物隐孢子虫（ Cryptosporidium，一种引起人兽共患病的机会性原虫，能感染包括人在内的240多种动物，引发机体产生不同程度的消化道和呼吸道症状）是一种最常见的水中致病细菌，也是游泳池中最主要的问题”。他花了几十年来研究病菌传播。隐孢子虫是一种有坚硬外壳的微小寄生虫，即使在经过氯化消毒的游泳池也能存活好几天。
 

如果游泳者喝了受隐孢子虫污染的水，会长时间频繁的腹泻。而另一个关键的问题是，隐孢子虫是怎样进入水体的。贾格巴说，“只可能是人们去游泳池游泳时将这些病菌带入，例如汗，防晒霜，甚至尿液，也有意外的情况，例如随机性排便（AFR，accidental fecal releases），这种情况经常发生在小孩子身上。
 

上述情况并不是水体受污染的唯一方式，贾格巴10年前的研究表明：游泳者游泳时会自然排出0.14克的粪便。而他的另一项研究表明：在放松状态下游泳，游泳者每小时会排出50毫升的尿液和汗水。
 

总体来说，只要游泳池维护良好就不会对健康人群构成很大危险，而且，也有办法减少游泳池中的隐孢子虫数。方法之一就是在游泳时，孩子的父母们要经常带孩子们去上厕所，并且检查婴儿的尿布。美国疾病和预防控制中心也建议游泳者在进入游泳池之前用肥皂彻彻底地将自己洗干净。同时，游泳者在进入水池之前，也应该先看看水的卫生状况，如果不能看到水池底部，或者池子边缘有泡沫，也许应该考虑换个地方游泳。