真菌（fungus；eumycetes）是具有真核和细胞壁的异养生物，也是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌、蕈菌之类的微生物及最为人熟知的菇类。
真菌遍及全世界，大部分的真菌并不显眼，因为它们很小，而且它们会以保护色生活在土壤内、在腐质上、以及和植物、动物或其他真菌共生。部分菇类及霉菌可能会在结成孢子时变得较显眼。真菌在有机物质的分解中扮演着极重要的角色，对养分的循环及交换有着基础的作用。
起源
蕈菌类真菌蕈菌类真菌图册真菌在地球上存在了多长时间至今还不清楚，对真菌的起源也没有确切的结论。真菌的有些特点和植物相似，然而在某些方面又和动物有相似之处。根据营养方式的比较研究，真菌不是植物也不是动物，而是一个独立的生物类群——真菌界。
1、起源多元论
根据性器官的形态及交配方式，认为真菌来自藻类。壶菌目自原藻演化而来；水霉目演自无隔藻；毛霉目演自接合藻；子囊菌和担子菌由红藻演化而来，这些藻类因丧失色素而从自养变成异养，生理的变化引起了形态的改变。这就是真菌起源的多元论观点。
2、鞭毛生物起源论
认为绝大多数真菌是起源于一种原始水生生物——鞭毛生物，单细胞，具一至数根鞭毛，有的有叶绿素和其他色素，有的无色素，具色素的演化为藻类，无色素的演化为菌类。真菌和藻类都起源于鞭毛生物。
演化
1、生活方式上
水生真菌是原始型，演化的过程是由水生到陆生，并且推测在演化过程中还可能返回水生的习性。从而认为具有鞭毛的游动孢子较原始，而不游动的静止孢子是相对进化的。
2、营养方式上
腐生方式是原始的生活类型，寄生生活方式比腐生生活方式高级。专性寄生生活方式比兼性寄生生活方式高级，最高级的生活方式是特异性的专性寄生方式。
3、结构上：由简单到复杂，再由复杂退化和失去特殊的结构，使结构简单化。
新技术的广泛应用，对修订真菌的起源和演化提供了科学依据。现代认为真菌演化的主轴路线：鞭毛生物—壶菌—接合菌—子囊菌—担子菌。
