每次冲完马桶，貌似湍急的水流将污物与细菌一起卷走了，但日本的一项研究指出，刚刚冲完的马桶内壁上，细菌数量仍高达10万个。而且，就在冲水的刹那，细菌会趁机腾空而起。
美国纽约大学菲利普尔诺博士指出，如果在马桶盖打开时冲水，马桶内的瞬间气旋最高可以将病菌和微生物带到6米高的空中，并悬浮在空气中长达几小时，这些看不见的水珠会携带病菌，落到周围的墙壁和物品上。
与马桶内壁相比，马桶圈和马桶蹲座外侧才是细菌的聚集地。复旦大学公共卫生学院专家曾指出，32%的马桶上有痢疾杆菌，其中一种病菌在马桶圈上存活的时间长达17天，而马桶圈上附着的细菌是马桶内侧的几倍。特别是套垫圈的马桶圈，细菌数量则可能是马桶内侧的几十倍了。
马桶蹲座上的细菌同样令人咋舌。美国科学家曾对家居用品进行过一次细菌检测，发现马桶蹲座外侧上，每平方英寸(6.452平方厘米)就积聚着295个细菌。另外，马桶水箱及按钮也很脏，北京友谊医院消化内科主任王润华指出，按钮上可能附着大肠杆菌。
